Debugowanie on-line polega na dalszym dostosowywaniu programu on-line poprzez debugowanie symulacyjne. Proces debugowania online powinien przebiegać krok po kroku, zaczynając od sterownika PLC Mitsubishi podłączając tylko urządzenie wejściowe, następnie podłączając urządzenie wyjściowe, a następnie podłączając do rzeczywistego obciążenia. Jeśli nie spełnia wymagań, dostosuj sprzęt i procedury. Zwykle wystarczy zmodyfikować część programu.
Po zakończeniu debugowania jest przekazywany do próbnej pracy. Po uruchomieniu przez pewien czas, jeśli działa normalnie i program nie wymaga modyfikacji, program powinien zostać utrwalony w EPROM, aby zapobiec utracie programu.